第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。

电视动画《攻壳机动队ARISE ALTERNATIVE ARCHITECTURE》是剧场版《攻壳机动队ARISE》的TV再编集，除了剧场版全4话的内容之外，还将增加2话全新的章节，而新作的内容也与2015年上映的《攻壳机动队 新剧场版》内容有所关联。

改编自著名同名动漫系列作品。《攻壳机动队》讲述了在未来社会，人的各种组织器官都可以用人造的代替，人和机器的界限越来越模糊。主角素子少佐就是…

公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。 是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。

2027年，第四次非核大战结束一年后，饱受战火摧残的NEWPORT-CITY内，自跑地雷引起的爆炸事件和涉嫌军火买卖与收受贿赂的军人真室中佐（宫内敦士 配音）丧命事件不断搅扰着城市的安宁。阴雨连绵的夜里，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）为了回收藏有重要情报的义体与电子脑挖开了真室中佐的坟墓，谁知在此关键时刻，坟地的另一边冰冷的枪管对准荒卷等人。来者隶属陆军机密部队501机关，是除脑部以外全身都经过机械改造的生化人草薙素子（坂本真绫 配音），她此行的目的正是为了洗刷视若生父一般的真室中佐所背负的污名。        另一方面，拥有不眠之眼的前特种部队队员巴特（松田健一郎 配音）怀疑素子正是爆炸事件的主谋，新滨县警陀古萨（新垣樽助 配音）则就枪杀事件和娼妇谋杀事件的共同之处展开调查。与此同时，501机关的现任长官库露兹中佐（浅野麻由美 配音）和义体化代理商们密切注视着素子的一举一动。伴随着神秘病毒"Fire Starter"的出现，攻壳机动队的前传拉开序幕……

草雉素子从陆军“501机关”独立得到自由，与此同时，新型机器人罗吉库玛被不明黑客入侵，在运送罗吉库玛的途中，素子遭到了枪火袭击。

故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

某年的圣诞夜，大批民众聚集到某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事……　　本片根据士郎正宗的原作改编。